La construcción se inició en 1932 para ser un hospital psiquiátrico con pabellones separados por calles amplias y jardines según diseño del arquitecto Baltasar Henández Briz, sin embargo su finalización en 1936 y la llegada de la guerra civil lo convirtieron en cuartel y en prisión lo que duraría pasados años después de finalizada la guerra. Las instalaciónes seguirían siendo acuartelamiento militar para el arma de Caballería: Academia de Transformación de Sargentos Provisionales de Caballería, Regimientos Calatrava y Santiago, Centro de Instrucción de Reclutas nº 2 y despúes la I Bandera Paracaidista.

El nombre del cuartel se corresponde al Teniente Coronel de Caballeria Fernando Primo de Rivera y Orbaneja (1879-1921) hermano del dictador y que falleció en acto de combate durante el desastre de Annual. Tras el traslado de la BRIPAC a Paracuellos se realizaron obras de adecuación para albergar el Cuartel General de las Fuerzas Ligeras del Ejército de Tierra.

En 2008 al realizar unas obras en la zona nordeste del muro perimetral se encontraron restos óseos correspondientes a 5 personas posiblemente fusiladas durante la guerra civil. En 2018 se anunció el cierre del acuartelamiento, en 2023 apareció en la prensa que el cuartel sin uso militar será utilizado para dar alojamiento a emigrantes ilegales procedentes de Canarias siendo en 2024 unos 1.200 y en 2026 unos 1.700 más del máximo de la capacidad inicialmente prevista..

Historial: El inicio del paracaidismo militar español data del 17 de octubre de 1953 en la que el Ministerio de la Guerra encarga al Comandante Tomás Pallás Sierra organizar el primer curso de paracaidistas que contará con 8 oficiales, 12 suboficiales y 149 de tropa los cuales formarán la I Bandera Paracaidista "Roger de Flor" con base en el Cuartel Principe de Lepanto de Alcalá de Henares, en la actualidad está ubicada en la Base Principe de Paracuellos del Jarama.

En 1956 se organiza la creación de la II Bandera "Roger de Lauria"

En 1957 se crean Unidades de Ingenieros constituyéndose como Batallón Mixto de Ingenieros en 1966 actuales desde 1997 Batallón de Zapadores Paracaidista (BZAPAC) y Compañía de Transmisiones Paracaidista (CIATRANSPAC).

En 1960 se crea la III Bandera "Ortiz de Zarate" desde el 1 de enero de 2003 tiene su sede en el Acuartelamiento Santa Barbara (Javalí Nuevo, Murcia)
En 1965 se crea el Grupo Logístico Paracaidista
En 1966 se agrupan las Banderas como Brigada Paracaidista añadiéndose al año siguiente un Grupo de Artillería (GACAPAC) ampliando su capacidad a antiaérea en 1992.

El 2 de mayo de 1968 y en presencia de los Principes de España, el alcalde de Alcalá de Henares hizo entrega de la Enseña Nacional.

En 1971 se traslada la instrucción y formación de paracaidistas al Cuartel de Santa Barbara en Jabalí Nuevo, Murcia.

En 1997 se creó el Batallón de Cuartel General en ampliación de la Compañía de igual nombre al que están adscritas entre otras Estado Mayor, Unidad de Inteligencia, Policía Militar, Compañía de Defensa Contracarro y la Compañía de Transmisiones. Así como una unidad del Grupo de Apoyo a la Proyección II/1 (GAPRO II/1) y una compañía de la Unidad de Servicios de Acuartelamiento (USAC).