La historia de las COEs se inicia en 1957 en Jaca cuando se inicia el primer curso para la obtención del título de aptitud para el mando de Unidades de Guerrilleros que con una duración de 10 meses se impartió a oficiales y suboficiales en la Escuela Militar de Montaña y Operaciones Especiales (EMMOE). La Escuela Militar de Montaña que ya era el centro de formación desde 1945 para mandos en especialidades de montaña (esquiadores, escaladores, combate en montaña, escalada...) en 1946 crea la Compañía de Esquiadores y Escaladores en Candanchú, consolidará durante los 60 la docencia en operaciones  y en 1981 dispondrá de su propia COE. En 2008 en coordinación con el Mando de Operaciones Especiales se imparte el primer curso en Alicante de Aptitud Básica en Operaciones Especiales dirigido a la tropa. 

Finalizado el cuarto curso en la EMMOE se crean en 1962 las dos primeras Unidades de Operaciones Especiales una en la 7ª Región Militar por lo que se le denominó UOE 71 con dependencia del Regimiento de Infantería Milan con base en Oviedo y una segunda en la 8ª Región por lo que se le denominó UEO 81 con dependencia del Regimiento de Infantería Zamora con base en Orense. Las Unidades estaban compuestas de 113 miembros al mando de un capitán, como armamento personal el fusil de asalto CETME, una pistola semiautomática y un cuchillo especial al principio fabricado por la FN de Toledo y después por Aitor Oso Negro, obteniendo sus miembros la carácteristica boina verde una vez superadas las diferentes pruebas para su formación como guerrillero siendo las primeras en ser entregadas las del 8 de diciembre de 1962 día de la Inmaculada a los componetes de la UOE71.

En 1965 por reorganización del Ejército de Tierra se crean la Brigadas de Defensa del Territorio (BRIDOT) una por Región Militar estableciendo la creación de una Compañía de Operaciones Especiales (COE) por cada Regimiento de Infantería de la que dependerían administrativamente y fueron las siguientes:

-COE nº 11 del Regimiento Inmemorial nº 1  (Madrid)

-COE nº 12 del Regimiento Ordenes Militares nº 37  (Plasencia)

-COE nº 21 del Regimiento Álava nº 22   (Tarifa, Cádiz).

-COE nº 22 del Regimiento Granada nº 34  (Huelva)

-COE nº 31 del Regimiento San Femando nº 11  (Alicante)

-COE nº 32 del Regimiento Guadalajara nº 20  (Paterna,Valencia)

-COE nº 41 del Regimiento Jaén nº 25   (Barcelona)

-COE nº 42 del Regimiento Badajoz nº 26   (Tarragona)

-COE nº 51 del Regimiento Las Navas nº 12   (Zaragoza)

-COE nº 52 del Regimiento Barbastro nº 43  (Barbastro,Huesca)

-COE nº 61 del Regimiento San Marcial nº 7  (Burgos)

-COE nº 62 del Regimiento Garellano nº 45  (Bilbao)

-COE nº 71 del Regimiento Milán nº 3  (Oviedo)

-COE nº 72 del Regimiento San Quintín nº 32  (Gijón)

-COE nº 81 del Regimiento Zamora nº 8  (Orense)

-COE nº 82 en Lugo dependiente del Regimiento Mérida nº 44  (El Ferrol)

-COE nº 91 del Regimiento Córdoba nº 10  (Granada)

-COE nº 92 del Regimiento Ceuta nº 54  (Málaga)

-COE nº 101 en el Regimiento Palma nº 47  (Palma de Mallorca)

-COE nº 102 del Regimiento Tenerife nº 49  (Tenerife)

-COE nº 103 del Regimiento Canarias nº 50  (Las Palmas de Gran Canaria)

-COE de la EMMOE en Jaca para la realización de los cursos de formación

-UOEL en 1981 y desde 1985 BOEL Bandera de Operaciones Especiales de la Legión (Ronda, Málaga) dependiente del Tercio Alejandro de Farnesio IV de la Legión y cuyo origen eran los SOEs de los Tercios Saharianos en los años 70.

El plan de Modernización del Ejército de Tierra cuyo proyecto se inició en 1979 y se inició su aplicación en 1983 significó la disolución de las BRIDOT y la unificación de las COEs en Unidades tipo batallón con la denominación Grupo de Operaciones Especiales (GOE) quedando como resultante las siguientes:

-GOE I Ordenes Militares en Colmenar Viejo, Madrid al unificar las COEs 11 y 12 y crearse la COE 13 (1979)

-GOE II Santa Fé en Granada al unificar las COES 21y 22 (1985)

-GOE III Levante en el cuartel Molino Payá de Alcoy, Alicante al unificar las COEs 31 y 32 (1984) cambiando a Valencia al trasladarse a Paterna en 1986

-GOE IV  Tercio del Ampurdan en el cuartel del Bruc de Barcelona al unificar las COEs 41 y 42 (1987) inicialmente se llamó Almogábares

-GOE V San Marcial en Burgos al unificar las COEs 61 y 62 (1986)

-GOE VI La Victória en Zaragoza al unificar las COEs 71, 72, 81 y 82 (1988) 

-BOEL Bandera de Operaciones Especiales de la Legión (1985) 

Quedaron disueltas las COEs 91 y 92 (1985) y 51 y 52 (1986)

En 1988 se crea el Mando de Operaciones Especiales (MOE) re-organizando con las siguientes Unidades:

-UOE Valencia III 

-UOE Tercio del Ampurdán IV (se traslada a Alicante en 2001)

-UOE Legionario Maderal Oleaga XIX Bandera de Operaciones Especiales de la Legión (se traslada a Alicante en 2002)

-UOE Granada II Santa Fé (creado de nuevo en 2005)

El MOE tiene como jefe un general de brigada, cada Unidad de Operaciones Especiales a un comandante y cada equipo operativo a un capitán. En cuanto a número de miembros cada UOE es lo que correspondería media compañía y cada equipo operativo a tres escuadras.

El armamento personal es la pistola semiautomática Heckler & Koch HK USP  y en función de la especialidad del guerillero el subfusil Heckler & Koch MP5 SD, fusil de asalto Heckler & Koch G-36 K, fusiles de precisión Barret o Accuracy AWF SD.

El soldado de una UOE recibe formación para el combate en tierra, en nieve,anfibio,  tiro, supervivencia, paracaidismo, escalada, transmisiones, explosivos, etc. Han participado en misiones internacionales en Bosnia, Kosovo, Iraq, Afganistan...