El edificio donde está ubicado en el paseo de la Farola finalizó su construcción en 1935 para ser la sede del  Oficina Hidrográfica Internacional y Estación Biológica sin embargo no se pudo realizar por coincidir con el inicio de la guerra civil destinandose a necesidades en principio del ejército republicano y después del nacional que tras el final de la guerra se destinó a diferentes instituciones como el Laboratorio Oceanográfico, Acuario y la Comandancia de Marina quedando esta última con la totalidad del edificio en 1983 y desde 1995 también quedan instaladas las oficinas de la Delegación de Defensa de Málaga.

Las Comandancias Navales estan integradas en la Fuerza de Acción Marítima de la Armada (FAM) su comandante un Capitán de Fragata es la representación institucional de la Armada en su zona de responsabilidad siendo entre otras misiones: la ejecución de la Acción Marítima de la Armada para garantizar la protección de los intereses marítimos nacionales en áreas de soberanía y en las que España tenga interés, el poyo a buques de la Armada y marinas de otros países en escalas portuarias, apoyo a buques de la Armada en actividades de vigilancia pesquera y seguridad marítima, apoyo a despliegues de la unidad de buceo para desactivación de artificios y municiones sin explotar, protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático, la coordinación con todos los organismos e instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y organizaciones no gubernamentales,empresas privadas y personas relacionadas.