Conocida la sublevación del Ejército de África el gobierno de la República mediante su ministro de Marina José Giral dió la orden la madrugada del 18 de julio de impedir el paso del Ejército de África por el estrecho de Gibraltar. Es entonces cuando en las Comandancias Navales y en los buques se dán las diferentes circunstacias que determinarían que unas unidades se mantuvieran fieles o se sublevaran, en muchos casos en función más de la voluntad de la marinería que de la de sus oficiales lo que inclinó que salvo en la zona de Ferrol donde se sublevó la Escuela Naval de Marín logrando hacerse con los buques Almirante Cervera y el acorazado España impidiendo que su marinería los sacara a la mar y del destructor Velasco aún sin definirse y las guarniciones de Cádiz incluida la base naval de La Carraca por la posición decidida del sublevado gobernador militar, el general de Artillería José López-Pinto Berizo y la llegada de las primeras tropas sublevadas de África. La mayor parte de la Marina de Guerra se mantuvo fiel a la República pero carente de oficiales superiores pudiendo controlar el paso del Estrecho para impedir que las tropas de África continuaran llegando a la península y al disponer de las bases de Cartagena protegida por las baterías de costa de Los Alcázares y de San Javier y la de submarinos de Mahón, pudo controlar el tráfico marítimo por el Mediterráneo si bien esta muy limitada al haber quedado Mallorca bajo el control de los sublevados y base aérea de la aviación italiana.

La Base Naval de Cartagena junto a la próxima Base Aérea de Los Alcáceres se mantuvo leal gracias a la determinación del gobernador militar de Cartagena, general Toribio Martínez Cabrera y con ella los buques allí destinados: Crucero Lazaga, Flotilla de destrúctores, Flotilla de torpederos (4), Guardacostas (1) y buques auxiliares.

La Base de Submarinos de Mahón, Menorca la marinería se amotinó contra sus oficiales que intentaron sublevarse. Submarinos clase B (3) y clase C (3).

Las primeras represiones: Detenidos los oficiales que intentaron sublevarse serian entregados a las autoridades bien en Málaga (36), en Mahón y especialmente en la base de Cartagena donde serían recluidos en los buques prisión, Sil y España nº 3 (145) fueron llevados a alta mar para ser asesinados. Algunos estudios calculan fueron 355 oficiales perdieron la vida casi todos sin haber tenido juicio. En el bando sublevado se detuvo especialmente en la base de Ferrol a todos aquellos que no se unieron a la sublevación siendo fusilados 22 oficiales y 146 entre auxiliares y tropa de marinería.

Reorganización de la Flota: En cada buque se creó la figura del "comisário político" en 1937 "delegado político" cuya función era mantener el control ideológico, la moral y la disciplina. Tras la dimisión de José Giral en septiembre de 1936 el socialista Largo Caballero asumió la presidencia del gobierno y el Ministerio de la Guerra reorganizando el Ejército de Tierra en Brigadas Mixtas y nombrando a Indalecio Prieto Tuero como ministro de Marina y Áire aprobando el Reglamento de Reorganización de la Flota y con la presidencia de Juan Negrín López en octubre de 1937 la creación de Escuela Naval Popular con sede en el Colegio de la Rambla en Cartagena a fin de formar alféreces de navio en 6 meses para ello se convocaron plazas para quienes pudieran disponer de conocimientos mínimos como los terceros maquinistas y auxiliares de los cuerpos de la Armada pudiendo aprobar 32 en la primera convocatoria y 24 en la segunda sin poder tener más continuidad por los avances terrestres de los sublevados. 

Finalizada la guerra la escuadra superviviente: el crucero Miguel de Cervantes, los cruceros ligeros Méndez Núñez, Libertad y los destructores Almirante Valdés, Lepanto, Gravina, Antequera, Miranda, Escaño, Jorge Juan y Ulloa y el submarino C-4 partieron de Cartagena al ser la ciudad tomada por el bando nacional refugiándose en el puerto tunecino de Bizerta el 7 de marzo de 1939 donde las autoridades francesas les concedieron asilo político siendo conducidas sus tripulaciones al campo de concentración de Meheri Zabbens a 400 kms. Llegaron 4.093 personas de ellos 300 civiles, en su mayoría guardias de asalto, policías, carabineros o trabajadores del Arsenal, 21 mujeres y 4 niños. En marzo de 1939 llegó a Bizerta el almirante franquista Salvador Moreno con tripulaciones para recuperar los buques ofreciendo a los exiliados sin delitos de sangre el indulto si volvían se entregaron unos 2.300 que al llegar a Rota serían juzgados con condenas a muerte (23), a perpetuidad, cárcel y campos de concentración. Los que se quedaron sufrieron en batallones de trabajos forzados.

La Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi creada en octubre de 1936 fue una organización dirigida por el gobierno vasco presidido por José Antonio Aguirre y Lecube en virtud de la aprobación el 1 de octubre de 1936 por las Cortes Republicanas del Estatuto de autonomía del País Vasco. La presencia en el Cantábrico de los buques sublevados: crucero Almirante Cervera, el acorazado España y el destructor Velasco así como de otros auxiliares artillados junto a las tomas en septiembre de Irún y San Sebastián por el general Mola forzó al gobierno vasco a designar al capitán de marina mercante Joaquín de Eguía y Unzueta para organizar esta Armada para ello se requisaron y artillaron nueve bacaladeros de altura habilitando a sus comandantes como tenientes de navio, 27 pesqueros de arrastre como dragaminas y otros barcos menores. Se organizó un voluntariado para ser militarizadas sus tripulaciones a los que se presentaron 3.000 personas pudiendose escoger a los 563 más experimentados. Su efectividad fue alta pudiendo limpiar de minas que los sublevados instalaban con frecuencia frente al puerto de Bilbao así como de la protección de combois de suministros y evacuación de ciudades como Santander y en la de Gijón. Finalizada la guerra estos buques fueron devueltos a sus propietarios.

Los buques:

- Acorazado Jaime I: Clase España, construido por la Sociedad Española de Construcción Naval en Ferrol y entregado a la Marina en 1921 disponía de una única chimenea central disponía de una potencia de 20.000 Cv proporcionada por 12 calderas Yarrow y 19,50 nudos de velocidad. Su armamento:  8 cañones Vickers de 305 mm/50, 20 cañones Vickers de 101 mm/50, 2 cañones AA de 47 mm, 2 piezas de desembarco de 70 mm y 2 ametralladoras Maxim. Su dotación de 850 marinos. 

Participó en la Guerra del Rif y en el Desembarco de Alhucemas, en la Revolución de 1934 en Asturias bombardeó el barrio de Cimadevilla de Gijón y participó en el traslado de tropas. El 18 de julio de 1936 se encontraba en Santander y cumpliendo órdenes de dirigió hacia el Estrecho, en su recorrido la marinería evitó el intento de sublevarse de parte de los oficiales realizando bombardeos a la Linea, Ceuta, Melilla y Algeciras. Entre el 21 y 25 de mayo de 1937 frente Almería sufrió bombardeos de la aviación italiana provinientes de Tablada, Sevilla y de alemanes provinientes de Cádiz pudiendo refugiarse en Cartagena donde durante su reparación en junio explosionó provocando 300 fallecidos quedando hundido. En 1941 su artillería sería recuperada como artillería de costa, los tres Vickers de 305 mm/50 en Tarifa en las posiciones El Vigía D-9 y D-10 y Casquebel y el resto en Mallorca posiciones Rafalbetx y Cabo Blanco  manteniéndose en servicio hasta 1985.

- Crucero ligero Méndez Nuñez: Pertenecía a la clase Blas de Lezo, construido por la Sociedad Española de Construcción Naval en Ferrol y entregado a la Marina en 1924 disponía de 12 calderas Yarrow que le daban una potencia de 43 000 cv y 29 nudos de velocidad. De armamento 6 cañones Vickers 152 mm/50, 4 cañones 47 mm/50, 1 cañón de desembarco de 76 mm, 12 tubos lanzatorpedos de 533 mm y 4 ametralladoras. Dotación de 320 marinos.

Participó en el Desembarco de Alhucemas el 8 de septiembre de 1925. Desde junio de 1936 se encontraba destinado en Guinea, el 18 de julio recibió la orden de volver a la península parando en Dakar para repostar y recibiendo nuevas órdenes de regreso a Guinea donde llega el 14 de agosto amotinándose la marinería y desembarcando a los oficiales tomando rumbo a Cartagena donde llegarían el 23 de septiembre quedando destinado junto a otros buques para el control del Mediterráneo si bien por su escasa velocidad quedaba atrasado en los convois se reservó para salidas cortas. El buque se entregó en Bizerta, Túnez. El Méndez Nuñez sería reformado en su totalidad en Ferrol para transformarse en crucero antiaéreo quedando asignado en Cartagena realizó transportes de tropa y patrulla de costa en Sidi Ifni y Sahara en noviembre de 1957. Fue dado de baja en 1963 y vendido para desguace.

- Crucero ligero Libertad: Pertenecía a la clase Cervera, construido por la Sociedad Española de Construcción Naval en Ferrol fue entregado a la Marina en 1927. Disponía de 8 calderas Yarrow y 4 turbinas Parsons que le proporcionaban 83 000 cv y 34 nudos de velocidad. Armamento: 8 cañones Vickers-Carraca BL de 152 mm/50, 4 cañones de 101'6/45 mm AA, 2 × cañones de Hotchkiss 47 mm y 12 tubos lanzatorpedos de 533 mm. Dotación de 566 marinos. En su origen su nombre fue Príncipe Alfonso y tras la guerra civil rebautizado como Galicia.

Participó en la represión de la Revolución de Octubre de 1934 con el traslado de tropas y bombardeo a la ciudad de Gijón. El 18 de julio se encontraba en Ferrol junto al Jaime I y el Miguel de Cervantes recibiendo la orden de traslado al estrecho de Gibraltar la marinería se amotinó en los tres buques deteniendo a sus oficiales que intentaron unirse a los sublevados. La escuadra bombardeó Ceuta, Algeciras, La Linea y Cádiz hundiendo el cañonero Dato y manteniendo el bloqueo del Estrecho desde el puerto de Málaga. El 3 de agosto ejecutaron a todos los oficiales que intentaron sublevarse. Durante la guerra civil participó en el control del Mediterráneo participando en varios combates como el de la batalla del Cabo de Palos donde acabaría hundido el crucero nacional Baleares. El 11 de marzo de 1939 se entregaron en Bizerta, Tunez.  Finalizada la guerra fue reformado integramente manteniendose en servicio hasta enero de 1970.

- Crucero ligero Miguel de Cervantes: Pertenecía a la clase Cervera, construido por la Sociedad Española de Construcción Naval en Ferrol fue entregado a la Marina en 1930. Mismas condiciones que el Libertad, el 22 de noviembre de 1936 frente a Cartagena sufrió el ataque del submarino italiano Torricelli que le impactó dos torpedos pudiendo ser remolcado a la base, sin embargo su reparación se alargó debido a los ataques aéreos franquistas no volviendo a su actividad hasta el 11 de abril de 1938. Se entregó en Bizerta, Tunez. En 1956 participó en el conflicto Ifni-Sahara y trasladó la 13ª Bandera de la Legión recien creada. Fue dado de baja en julio de 1964.

- Destructores:

- clase Bustamante: Villaamil (1916) y Cadarso (1917)

- clase Alsedo: Alsedo (1924) y Lazaga (1924)

- clase Churruca: Sánchez Barcáiztegui (1928), José Luis Díez ((1929), Almirante Ferrándiz (1929), Lepanto (1930), Churruca (1931), Alcalá Galiano (1931).

En construcción en Cartagena: Almirante Valdés, Almirante Antequera, Almirante Miranda, Císcar, Escaño, Gravina, Jorge Juan y Ulloa.

- Buque de rescate de submarinos: Kanguro (1920)

- Buque escuela: Galatea (1922) y Juan Sebastián de Elcano (1927)

- Submarinos:

- clase B: B-1 (1922), B-2 (1922), B-3 (1922), B-4 (1923), B-5 (1925) y B-6 (1926).

-clase C: Isaac Peral (C-1) (1928), C-2 (1928), C-3 (1929), C-4 (1929), C-5 (1930) y
C-6 (1930).

- Aeronautica Naval

 - texto en construcción-