Conocida la sublevación del Ejército de África el gobierno de la República mediante su ministro de Marina José Giral dió la orden la madrugada del 18 de julio de impedir el paso del Ejército de África por el estrecho de Gibraltar. Es entonces cuando en las Comandancias Navales y en los buques se dán las diferentes circunstacias que determinarían que unas unidades se mantuvieran fieles o se sublevaran, en muchos casos en función más de la voluntad de la marinería que de la de sus oficiales lo que inclinó que salvo en la zona de Ferrol donde se sublevó la Escuela Naval de Marín logrando hacerse con los buques Almirante Cervera y el acorazado España impidiendo que su marinería los sacara a la mar y del destructor Velasco aún sin definirse y las guarniciones de Cádiz incluida la base naval de La Carraca por la posición decidida del sublevado gobernador militar, el general de Artillería José López-Pinto Berizo y la llegada de las primeras tropas sublevadas de África. La mayor parte de la Marina de Guerra se mantuvo fiel a la República pero carente de oficiales superiores pudiendo controlar el paso del Estrecho para impedir que las tropas de África continuaran llegando a la península y al disponer de las bases de Cartagena protegida por las baterías de costa de Los Alcázares y de San Javier y la de submarinos de Mahón, pudo controlar el tráfico marítimo por el Mediterráneo si bien esta muy limitada al haber quedado Mallorca bajo el control de los sublevados y base aérea de la aviación italiana.

La Base Naval de Cartagena junto a la próxima Base Aérea de Los Alcáceres se mantuvo leal gracias a la determinación del gobernador militar de Cartagena, general Toribio Martínez Cabrera y con ella los buques allí destinados: Crucero Lazaga, Flotilla de destrúctores, Flotilla de torpederos (4), Guardacostas (1) y buques auxiliares y de la artillería para su protección 3er Regimiento de Artillería de Costa.

La Base de Submarinos de Mahón, Menorca, su principal función era por sus pequeñas dimensiones dar apoyo logístico a los submarinos. El 18 de julio, el gobernador militar de Mahón general José Bosch Atienza proclamó el estado de guerra al que se unió el jefe de la Base, contraalmirante Luis Pascual del Pobil, ambos junto a otros oficiales fueron detenidos por suboficiales y la marinería que se hicieron con la Base.

Las primeras represiones: Detenidos los oficiales que intentaron sublevarse serian entregados a las autoridades bien en Málaga (36), en Mahón y especialmente en la base de Cartagena donde serían recluidos en los buques prisión, Sil y España nº 3 (145) fueron llevados a alta mar para ser asesinados. Algunos estudios calculan fueron 355 oficiales perdieron la vida casi todos sin haber tenido juicio. En el bando sublevado se detuvo especialmente en la base de Ferrol a todos aquellos que no se unieron a la sublevación siendo fusilados 22 oficiales y 146 entre auxiliares y tropa de marinería.

Reorganización de la Flota: En cada buque se creó la figura del "comisário político" en 1937 "delegado político" cuya función era mantener el control ideológico, la moral y la disciplina. Tras la dimisión de José Giral en septiembre de 1936 el socialista Largo Caballero asumió la presidencia del gobierno y el Ministerio de la Guerra reorganizando el Ejército de Tierra en Brigadas Mixtas y nombrando a Indalecio Prieto Tuero como ministro de Marina y Áire aprobando el Reglamento de Reorganización de la Flota y con la presidencia de Juan Negrín López en octubre de 1937 la creación de Escuela Naval Popular con sede en el Colegio de la Rambla en Cartagena a fin de formar alféreces de navio en 6 meses para ello se convocaron plazas para quienes pudieran disponer de conocimientos mínimos como los terceros maquinistas y auxiliares de los cuerpos de la Armada pudiendo aprobar 32 en la primera convocatoria y 24 en la segunda sin poder tener más continuidad por los avances terrestres de los sublevados. 

Finalizada la guerra la escuadra superviviente: el crucero Miguel de Cervantes, los cruceros ligeros Méndez Núñez, Libertad y los destructores Almirante Valdés, Lepanto, Gravina, Antequera, Miranda, Escaño, Jorge Juan y Ulloa y el submarino C-4 partieron de Cartagena al ser la ciudad tomada por el bando nacional refugiándose en el puerto tunecino de Bizerta el 7 de marzo de 1939 donde las autoridades francesas les concedieron asilo político siendo conducidas sus tripulaciones al campo de concentración de Meheri Zabbens a 400 kms. Llegaron 4.093 personas de ellos 300 civiles, en su mayoría guardias de asalto, policías, carabineros o trabajadores del Arsenal, 21 mujeres y 4 niños. En marzo de 1939 llegó a Bizerta el almirante franquista Salvador Moreno con tripulaciones para recuperar los buques ofreciendo a los exiliados sin delitos de sangre el indulto si volvían se entregaron unos 2.300 que al llegar a Rota serían juzgados con condenas a muerte (23), a perpetuidad, cárcel y campos de concentración. Los que se quedaron sufrieron en batallones de trabajos forzados.

La Marina de Guerra Auxiliar de Euzkadi creada en octubre de 1936 fue una organización dirigida por el gobierno vasco presidido por José Antonio Aguirre y Lecube en virtud de la aprobación el 1 de octubre de 1936 por las Cortes Republicanas del Estatuto de autonomía del País Vasco. La presencia en el Cantábrico de los buques sublevados: crucero Almirante Cervera, el acorazado España y el destructor Velasco así como de otros auxiliares artillados junto a las tomas en septiembre de Irún y San Sebastián por el general Mola forzó al gobierno vasco a designar al capitán de marina mercante Joaquín de Eguía y Unzueta para organizar esta Armada para ello se requisaron y artillaron nueve bacaladeros de altura habilitando a sus comandantes como tenientes de navio, 27 pesqueros de arrastre como dragaminas y otros barcos menores. Se organizó un voluntariado para ser militarizadas sus tripulaciones a los que se presentaron 3.000 personas pudiendose escoger a los 563 más experimentados. Su efectividad fue alta pudiendo limpiar de minas que los sublevados instalaban con frecuencia frente al puerto de Bilbao así como de la protección de combois de suministros y evacuación de ciudades como Santander y en la de Gijón. Finalizada la guerra estos buques fueron devueltos a sus propietarios.

-*- Los buques:

- Acorazado Jaime I

- Cruceros ligeros: Méndez Nuñez, Libertad y Miguel de Cervantes

- Destructores clase Alsedo: Alsedo y Lazaga

- Destructores clase Churruca (14 unidades): Sánchez Barcáiztegui, José Luis Díez, Almirante Ferrándiz, Lepanto, Churruca, Alcalá Galiano, Almirante Valdés, Almirante Antequera, Almirante Miranda, Císcar, Escaño, Gravina, Jorge Juan y Ulloa

- Submarinos: Clase B (6 unidades), Clase C (6 unidades) y unidad de servicio sin artillar Kanguro.

-*- Principales acciones de guerra:

- Aeronautica Naval

 - texto en construcción-