El gobierno político y militar de Mojos, o Moxos, fue un área del Virreinato del Río de la Plata, coincidente en gran parte con el Departamento del Beni, dentro de la actual Bolivia. El virreinato del Río de la Plata comprendía los territorios de Buenos Aires, Paraguay, Tucumánn y Santa Cruz de la Sierra, el corregimiento de Cuyo (parte hasta entonces de la capitanía general de Chile) y los corregimientos de la provincia de Charcas. En términos actuales, abarcaría: Argentina, Uruguay, Paraguay y Bolivia; así como zonas de Brasil, del norte de Chile y del sureste de Perú.

El coronel Antonio Aymerich y Villajuana figura como primera autoridad, así como autor del "Mapa que comprehende las Missiones de la Compañia de Jhs. en el territorio de Moxos y Chiquitos, en la Governación y Comandancia Gral. de Sta. Crus de la Sierra. Marcando en el terreno de S.M.C. que ocupan los portugueses segun las más exactas noticias adquiridas por los Oficiales que han servido en la Expedicion de Moxos. (Ciudad de la Plata 27 de Junio de 1764)."

Desde 1767 y hasta el 18 de abril de 1768 todos los Jesuitas de los dominios españoles abandonaron el territorio, por fuerza de Ley. Correspondió al coronel Aymerich y Villajuana, a nombre de la Corona de España y para suerte de la futura Bolivia, el conservar la Misión, preservando la institucionalidad dejada por los Jesuitas.

Muy posterior, un Bando del Virrey Vertiz (3 de octubre de 1780), ordena al comandante de la frontera que recoja bajo la protección del cañón de los fuertes a las familias establecidas en parajes arriesgados en vista de los continuos ataques de los indios. Santa Cruz, Moxos, Cuyo, y Charcas figuran entre ellos.