La AALOG 21 se creó en 1987 como resultado de la reorganización de diferentes unidades logísticas distribuidas por Andalucía en lo que fue la II Capitanía Militar constituidas como Mando de Apoyo Logístico a Zona Interregional (MALZIR Sur) integrando las jefaturas, unidades y acuartelamientos. 

La Agrupación está repartida en diferentes provincias andaluzas, para Abastecimiento en Jaen, Cordoba, Cádiz y Almeria; la Unidad de Transportes en el acuartelamiento "Cervantes" en Granada y la sede del Mando a si como las Unidades de Abastecimiento y Mantenimiento en el Acuartelamiento de "Torreblanca" en Sevilla.

Al mando de un coronel y en dependencia de la Brigada Logística en octubre de 1990 le fue concedido el uso de la Bandera Nacional, en su modalidad de Bandera. Ha participado en la práctica totalidad de operaciones en el exterior como en la Campaña Antártica, Kosovo, Líbano, Irak, Afganistán, Mali, Letonia, Bosnia-Herzegovina, Mauritania, Turquía, etc.