- Los pioneros:

Los proyectos de creación de ingenios submarinos con éxito proceden de mediados del siglo XIX con el alemán Wilhelm Bauer con su Diablo Marino que disponía de una cámara de buzo o esclusa de aire que permitía a los buzos entrar y salir del sumergible. Narciso Monturiol con su Ictineo en Barcelona y Alicante con inmersiones de hasta 8 horas llegando a 30 metros de profundidad sin embargo la falta de inversión del Estado impidió su evolución. 

Tras la crisis de las Carolinas en 1885, el teniente de navio e ingeniero Isaac Peral inventó el primer submarino torpedero a propulsión eléctrica llegándose a construir en el Arsenal de la Carraca (Cádiz) y en funcionamiento en enero de 1888 sin embargo la Junta Técnica de Evaluación de forma inexplicable rechazó el proyecto le obligó a entregar el submarino y supuestamente los planos fueron comprados por Inglaterra. La existencia de estos submarinos hubiera sido clave en los acontecimientos de 1898. En 1899 el francés Maxime Laubeuf logra poner en funcionamiento el submarino torpedero Narval de doble casco y caldera a vapor para navegar en superficie y acumuladores eléctricos para navegar en inmersión. 

- Submarinos de la Armada:

La fecha oficial de la creación de la especialidad de submarinos y su escuela es el 17 de febrero de 1915 al ser aprovada la ley del entonces ministro de Marina, almirante Augusto Miranda Godoy que autorizaba la compra y construcción de submarinos así como la formación específica. Los primeros fueron el Holland comprado a EE.UU aquí bautizado como Isaac Peral, los comprados a Italia clase Laurenti: Narciso Monturiol A-1, Cosme García A-2 y A3 y a estos siguieron desde 1922 a uno por año, los construidos por la Sociedad Española de Construcción naval en su factoría de Cartagena llamados clase B (B-1 a B-6) y dos estaciones navales de apoyo, la de Mahón y la de La Graña. Entre 1927 y 1929 fueron entregados 6 unidades de la entonces nueva clase C lo que permitió disponer en aquel tiempo de 16 submarinos cantidad que no se ha vuelto a producir.

Para el inicio de la guerra civil los cuatro primeros submarinos ya habían sido dados de baja y estaban en inicio de construcción tres de la nueva clase D diseñados por el ingeniero Áureo Fernández Ávila quedando finalizados en 1947 (D-1), 1951 (D-2) y 1954 (D-3).

Al finalizar la guerra solo pudieron quedar en servicio una vez reparados los C-2 y C-4, dos que habían sido entregados por Italia al bando nacional, los Torricelli (General Mola) y Archimede (General Sanjurjo) y un U-487 (G-7) procedente de la Alemania nazi que había quedado averiado en Cartagena siendo incorporado por "cesión" en 1943. En los años 50 se construyeron submarinos de asalto: dos "Foca" (SA-41 y SA-42) de dos tripulantes y dos "Tiburón" (SA-51 y SA-52) de siete tripulantes.

Por los acuerdos con EE.UU. en 1959 se recibe el USS Kraken (Almirante Garcia de los Reyes S-31) procedente de la II Guerra Mundial y con tecnología Snorkel iniciandose un proceso de renovación dándose de baja de forma progresiva los existentes y siendo sustituidos entre 1971 y 1974 por otros similares al S-1 si bien totalmente modernizados: USS Ronquil (Isaac Peral S-32), USS Picuda (Narciso Monturiol S-33), USS Bang (Cosme García S-34) y USS Jallao (S-35).

De 1973 a 1975 también se incorporaron los de tecnología francesa clase Daphne que en España fueron la clase Delfín: Delfín S-61, Tonina S-62, Marsopa S-63 y Narval S-64.

Por orden ministerial a partir del 1 de abril de 1982 la Base de Submarinos de Cartagena se denomina "Base de Submarinos Isaac Peral".

Entre 1983 y 1985 fueron dados de baja los norteamericanos y se incorporaron la nueva clase Agosta: Galerna S-71, Siroco S-72, Mistral S-73 y Tramontana S-74 que se mantuvieron activos entre 2012 y 2024 al quedar sustituidos por la clase S-80.

En 2023 queda incorporado la primera entrega el Isaac Peral (S-81), en 2025 el Narciso Monturiol (S-82) y para 2026 en fase de construcción el Cosme García (S-83) y el Mateo García de los Reyes (S-84).