En 1480 los reyes católicos decretan la edificación de la Audiencia Real y Capitanía General en el Reino de Galicia, la cual se asienta, primero en Santiago y más tarde en 1563 lo hará en A Coruña, esta Real Audiencia tiene una doble función, de un lado repartir justicia y conservar su archivo y del otro, la residencia permanente del capitán general del cual dependía la seguridad territorial del Reino de Galicia. Ubicado en la Plaza de la Constitución en el siglo XVI se construyó un edificio que dada su construcción de madera fue derribado y construido el actual palacio de estilo barroco en 1752 bajo la dirección inicial del ingeniero militar Juan de Vergel y por su fallecimiento finalizó la obra Francisco Llovet.
Las dos puertas de acceso del palacio reflejan las funciones de sede de la Capitanía General y de la Real Audiencia, siendo visibles en los escudos de ambas instituciones existentes en la fachada. La última reforma importante del edificio se llevó a cabo en 1996, año en el que se cubrió el patio interior y en el que se remodeló la plaza exterior situada frente a la fachada principal, en la que se colocaron un cruceiro y unos cañones para decorar el frente del palacio.

Desde 2002 es la sede del Cuartel General de la Fuerza Logística Operativa. La Fuerza Logística Operativa (FLO) tiene como misión la de dar el apoyo logístico a las Unidades, Centros y Organismos del Ejército de Tierra, también a las Unidades en operaciones en el exterior y como nación anfitriona. El cuartel general está ubicado en el Palacio de Capitanía de A Coruña.

Organización:
-Brigada de Apoyo Logístico
Cuartel General
AALOG 11
AALOG 21
AALOG 41
AALOG 61
AALOG 81
-Brigada de Sanidad
AGRUSAN 1
AGRUSAN 2
AGRUSAN 3
AGRUHOC (hospital)