La Comandancia General de la Flota a cuyo mando está un Almirante del Cuerpo General en dependencia del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada (AJEMA) tiene su cuartel general en el edificio Almirante Rodríguez Martín-Granizo en el interior de la Base Naval de Rota. Tiene bajo su dirección el potencial de combate de la Flota constituido por buques de superficie y submarinos, unidades de guerra de minas, unidades aéreas, unidades de guerra naval especial y órganos de mando a flote, que junto con la Infantería de Marina que proporcionan a la Fuerza Naval las capacidades de proyección del poder naval sobre tierra, protección, libertad de acción, apoyo logístico operativo y guerra naval especial, capacidades que en conjunto dan a la Fuerza Naval su carácter expedicionario.

Su historial organizativo parte del final de la guerra civil con la denominación Escuadra bajo el mando  de un Capitán de Navío y con base en el Crucero Canarias en Ferrol. En 1952 se reorganiza como Flota con 4 divisiones: 

La 1ª con base en Ferrol.
La 2ª con base en Cartagena.
La 3ª con base en Cádiz.
La 4ª llamada División de Apoyo con base también en Ferrol

En 1961 se realiza otra reorganización como:

Agrupación Naval del Norte. Con base en Ferrol.
Agrupación Naval del Estrecho. Con base en Cádiz.
Agrupación Naval del Mediterráneo. Con base en Cartagena.

En 1965 se realiza una reorganización por Tipos:

- Mando de Escoltas (MANDES) en Ferrol

- Mando Anfibio (MANFIB) en Cádiz

La reorganización de 1982 supuso también un cambio de ubicación al ser desguazado el crucero Canarias y pasar la sede a la Estación Naval de la Graña o bien a los buques insigneas Dédalo ó una fragata de la clase Baleares. La  Flota se reorganizó como:

- Grupo Aeronaval en Rota

- Grupo Anfibio.

- Escuadrillas de Escolta (11, 21 y 31 escuadrillas)

En 1988 se establece una nueva reorganización y se establece el cuartel general en la Base Naval de Rota y siendo asignadas bajo su Mando la Flotilla de Submarinos y la de Aeronaves, tropas de infantería de marina, centros de adiestramiento e instalaciones navales en tierra.

En 2010 se realizaron cambios organizativos en tres componentes de la Fuerza de la Armada: Fuerza de Acción Marítima, de la Flota y de la Fuerza de Infantería de Marina quedando bajo el Mando de la Flota el alistar, adiestrar y evaluar los medios y unidades así como la preparación y empleo de unidades.de la Flota,