Con ubicación en el puerto de Alicante desde finales del siglo XIX dispuso de un singular edificio hasta 1995 en que quedó inagurada su actual sede. 

Las Comandancias Navales estan integradas en la Fuerza de Acción Marítima de la Armada (FAM) su comandante es la representación institucional de la Armada en su zona de responsabilidad siendo entre otras misiones: la ejecución de la Acción Marítima de la Armada para garantizar la protección de los intereses marítimos nacionales en áreas de soberanía y en las que España tenga interés, el poyo a buques de la Armada y marinas de otros países en escalas portuarias, apoyo a buques de la Armada en actividades de vigilancia pesquera y seguridad marítima, apoyo a despliegues de la unidad de buceo para desactivación de artificios y municiones sin explotar, protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático, la coordinación con todos los organismos e instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y organizaciones no gubernamentales,empresas privadas y personas relacionadas.