Tiene su sede en la calle de Marí, 7 desde 1968 habiendo tenido otras dependencias de los que fueron Ayudantía Militar de Marina de Pasajes, Ayudantía Militar de Marina de Zumaya, Comandancia Naval del Bidasoa situada en Fuenterrabía (Hondarribia). Desde 2004 por reorganización de la Armada desaparece la Zona Marítima del Cantábrico la Comandancia queda en dependencia del Mando de Acción Marítima de Ferrol.

Las Comandancias Navales estan integradas en la Fuerza de Acción Marítima de la Armada (FAM) su comandante un Capitán de Fragata es la representación institucional de la Armada en su zona de responsabilidad siendo entre otras misiones: la ejecución de la Acción Marítima de la Armada para garantizar la protección de los intereses marítimos nacionales en áreas de soberanía y en las que España tenga interés, el poyo a buques de la Armada y marinas de otros países en escalas portuarias, apoyo a buques de la Armada en actividades de vigilancia pesquera y seguridad marítima, apoyo a despliegues de la unidad de buceo para desactivación de artificios y municiones sin explotar, protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático, la coordinación con todos los organismos e instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y organizaciones no gubernamentales,empresas privadas y personas relacionadas.