Como Capitanía del Puerto la Armada en Sevilla desde 1822 estableció su sede en la Torre del Oro quedando en 1870 su usufructo por parte del rey que se mantiene en la actualidad si bien sus oficinas se encuentran desde 1933 en el Pabellón de la Marina construido con motivo de la Exposición Universal de 1929.

Las Comandancias Navales estan integradas en la Fuerza de Acción Marítima de la Armada (FAM) su comandante un Capitán de Fragata es la representación institucional de la Armada en su zona de responsabilidad siendo entre otras misiones: la ejecución de la Acción Marítima de la Armada para garantizar la protección de los intereses marítimos nacionales en áreas de soberanía y en las que España tenga interés, el poyo a buques de la Armada y marinas de otros países en escalas portuarias, apoyo a buques de la Armada en actividades de vigilancia pesquera y seguridad marítima, apoyo a despliegues de la unidad de buceo para desactivación de artificios y municiones sin explotar, protección del Patrimonio Arqueológico Subacuático, la coordinación con todos los organismos e instituciones de las Administraciones Estatales y Autonómicas con competencias en el ámbito marítimo y organizaciones no gubernamentales,empresas privadas y personas relacionadas.