El mando de la infantería de marina ha cambiado a lo largo de sus casi cinco siglos de historia. El actual mando, denominado Comandante General de la Infantería de Marina (COMGEIM), aparece en 1968, teniendo su antecesor directo en el Inspector General del Cuerpo de Infantería de Marina, creado por la ley de 17/10/1940 y cuya posición estaba reservada a un oficial con rango de general de división, siendo José Enrique Rivas Fabal el último de dichos inspectores generales y el primer Comandante General del Cuerpo. Los generales de división han sido siempre el cargo reservado para ejercer el mando de esta fuerzaI desde que en 1902 fue creado en sustitución del cargo de mariscal de campo.
El Inspector General dependía directamente del Ministro de Marina y se le asignaba como funciones «la instrucción y organización de todas las fuerzas» y como órgano de apoyo una Inspección General formada por dos secciones, una de Organización y otra de Instrucción, liderada la primera por un general de brigada que era al mismo tiempo el Subinspector General de la Infantería de Marina, y la segunda por un coronel.
En 1968 se vuelve a reorganizar el Cuerpo de Infantería de Marina, para darle un mayor enfoque y una mejor organización en lo que a operaciones anfibias se refiere. El mando orgánico se lo otorgaba al Comandante General de la Flota, actual Almirante de la Flota y el mando operativo a un general de división: el Comandante General de la Infantería de Marina (COMGEIM), que disponía de una Comandancia General para su apoyo y asesoramiento. Esa Comandancia General actúa como Estado Mayor y estaba dirigida por el segundo jefe de la Comandancia.
Actualmente, el COMGEIM es asesorado y apoyado por el Cuartel General de la Fuerza de Infantería de Marina, según la instrucción 4/2016 del Almirante Jefe de Estado Mayor de la Armada (AJEMA).
Las funciones del Comandante General de la Infantería de Marina (Inst. 4/2016 del AJEMA), por el que se desarrolla la organización de la Armada son:
1. Ser responsable ante el almirante de la Flota (ALFLOT) de la preparación de la Fuerza de Infantería de Marina (FIM).
2. Determinar y proponer al ALFLOT las necesidades de la FIM derivadas de la preparación y empleo de sus unidades, así como las propuestas de modificación y modernización de sus unidades.
3. Proponer al ALFLOT las unidades de la FIM que deben cumplir los objetivos de alistamiento, adiestramiento y certificación, establecidos en el Plan Anual de Preparación y Actividad de la Flota.
4. Conforme a los criterios generales establecidos por el ALFLOT, propondrá prioridades para la asignación de recursos entre sus unidades.
5. Efectuar, a su nivel, el seguimiento, a través de la cadena orgánica, de las actividades de sus unidades que desarrollan cometidos operativos bajo control de otros mandos para prestarles el apoyo en aquellos aspectos no transferidos a la estructura operativa.
6. Velar por la adecuada aplicación de la Prevención de Riesgos Laborales en las unidades de su mando, de acuerdo con la normativa nacional en vigor establecida en el ámbito de la Armada, tanto en los puestos de trabajo propiamente dichos como en aquellas otras actividades de instrucción, adiestramiento y operativas, de manera que se garantice, en todo momento, la seguridad de todo el personal civil y militar.
7. Impulsar la doctrina y los procedimientos que afecten a la FIM que serán sancionados por el ALFLOT.
Para desarrollar sus cometidos operativos y de preparación, se le podrán asignar con carácter temporal unidades de superficie, submarinas y aéreas. Igualmente, cuando se integre en la estructura operativa, se le podrán asignar otras unidades nacionales o extranjeras.
