La Infantería de Marina tiene como mando del Cuerpo un general de división, que es Comandante General de la Infantería de Marina (COMGEIM), con dependencia directa del almirante de la Flota (ALFLOT).

El COMGEIM es el principal asesor del almirante de la Flota en todo lo referido a la proyección de fuerza, misión principal de la Infantería de Marina. En aquellos asuntos referidos al Cuerpo de Infantería de Marina que no se relacionen de forma específica y directa con la preparación de la Fuerza, el Comandante General podrá asesorar directamente al jefe de Estado Mayor de la Armada.

El Cuartel General es el órgano principal de mando del COMGEIM. Se compone del Estado Mayor de la Fuerza de Infantería de Marina, los órganos de asistencia directa y la ayudantía mayor. El Estado Mayor tiene carácter desplegable tanto en el ámbito nacional como internacional, estando constituido por un núcleo permanente de personal nacional, que podrá ser reforzado por personal nacional y extranjero en los periodos en que su actividad así lo requiera. El COMGEIM es asesorado y apoyado por el Cuartel General de la Fuerza de Infantería de Marina, según la instrucción 4/2016 del AJEMA.

El Cuartel General de la Fuerza de Infantería de Marina se encuentra en San Fernando (Cádiz), en un edificio de nueva estructura, construido en los antiguos terrenos de lo que fue el Cuartel de Instrucción de Marinería (CIM) de San Fernando.