El Cuartel General de la Fuerza de Protección se encuentra en Ferrol (A Coruña), de forma temporal dentro de la Estación Naval de La Graña, hasta su traslado definitivo al antiguo palacio de Capitanía General.

La Fuerza de Protección constituye una de los tres componentes de la Fuerza de Infantería de Marina y en concreto es la que tiene como misión garantizar la seguridad y protección del conjunto de Bases, Instalaciones, Centros, Organismos y personas de la Armada.

Este Cuartel General nace con la vocación de asistir al General Comandante de la Fuerza de Protección en el mando que ejerce en toda la FUPRO, compuesta por tres Tercios, una Agrupación y una Unidad de Seguridad. Esta unidad, de nueva creación en su conjunto, recoge la herencia transmitida a lo largo de los siglos por nuestros antecesores en la función de proteger las Instalaciones Navales.

El Cuartel General de la Fuerza de Protección (CG FUPRO) agrupa a los órganos de apoyo al mando del General de la Fuerza de Protección (GEPROAR).

El CG-FUPRO se estructura, en primer lugar, en el Estado Mayor (EM-FUPRO), con las secciones de Secretaría, Sección de Personal (G-1 ), y Sección de Operaciones (G-3), que incluye las áreas de Inteligencia y CIS, y finalmente la Sección de Logística (G-4).

En segundo lugar, están los Órganos de Asistencia Directa: Secretaría Personal y la Oficina de Seguridad Física (OSEFA). Por último, está la Ayudantía Mayor.

El Cuartel General de la FUPRO (CG FUPRO) asiste al General Comandante de la Fuerza de Protección de la Armada (GEPROAR) en su mando de la FUPRO.

El Cuartel General de la FUPRO actual es el heredero del Organo auxiliar de Mando (OAM), que se crea por la Instrucción Núm. 84/2004, de 15 de abril de 2004, del Almirante Jefe del Estado Mayor de la Armada, por la que se establece la Fuerza de Protección. Su primera sede fue en el acuartelamiento de la AGRUMAD en Madrid, y sus funciones iniciales, bajo el mando de un Coronel de Infantería de Marina, eran coordinar las diferentes áreas de la seguridad física para fundamentar las decisiones del General al mando, y controlar el cumplimiento de sus ordenes.