En marzo de 1969 con motivo de la Operación Ecuador todo el personal español que permanecía en Guinea es evacuado incluidos los miembros de la Guardia Civil, del Ejército del Aire y el personal civil que lo deseara incluidos los 230 vehículos, 2 aviones, 1 helicóptero, armamento y resto de materiales son embarcados rumbo Canarias quedando oficialmente disuelta la Escuadrilla 401 el 8 de Abril de 1969 y su personal distribuido en otros acuartelamientos.

En agosto de 1979, Teodoro Obiang Ngema sobrino del presidente Francisco Macías Nguema probocó un golpe de estado el cual en septiembre inició conversaciones con España que se verían ratificadas el 23 de octubre de 1980 mediante el Tratado de Amistad y Cooperación entre España y la República de Guinea Ecuatorial que abarcaron ayudas en campos como sanidad, educación, cultura, agricultura, ganadería  y defensa. 

El Ejército del Aire envió un destacamento del Ala 35 con 8 pilotos, personal de apoyo y 2 aviones C-212 para enlazar Malabo con otras ciudades y realizar labores de transporte de personal y humanitarios siendo relevados en 1992 por el Ala 37 hasta el 9 de marzo de 1994. El 2 de enero de 1987 se produjo un accidente en Bata donde fallecieron sus 22 ocupantes. En total esta misión fue llevada a cabo por 80 militares del E.A.,realizó 10.000 salidas, 18.758 horas de vuelo y se transportaron a más de 97.168 pasajeros y 1.773 toneladas de carga. En recuerdo a esta operación desde junio de 2014 la plaza de armas de la Base Aérea de Getafe se llama “Plaza del Destacamento en Guinea Ecuatorial”

El avión CASA C-212 Aviocar es un avión de transporte para uso civil y militar bimotor propulsado por dos turbohélices con disposión de puerta de embarque en su parte trasera que permite ser abierta en vuelo, puesto en servicio en 1971 su última construcción en España fue en diciembre de 2012 mientras Indonesia bajo licencia continúa su producción. Dispone de capacidad de carga de 2950 kg pudiendo transportar incluso vehículos, se han realizado diferentes versiones desde uso militar como la incorporación de ametralladoras, lanza torpedos, misiles antibuque Sea Skua, radares, vigilancia costera, etc y como uso civil transporte de heridos, alimentos, medicamentos, etc.