Con la reforma militar del presidente de gobierno y ministro de la Guerra, Manuel Azaña tras la proclamación de la II República suprimió las regiones militares, la distribución territorial del Ejército quedó organizada en 8 Divisiones Orgánicas y otras Unidades independientes o de Cuerpo de Ejército. Además se mantenían las Comandancias de Baleares, Canarias y en 1934 tras los sucesos de la revolución creó la de Asturias.

En el Protectorado de Marruecos, Azaña nombró como jefe a un general de su confianza, Agustín Gómez Morato que en la proclamación de la República era gobernador militar de Aragón teniendo un incidente con Franco director de la Academia Militar de Zaragoza al cual le telefoneó y ordenó izar la bandera republicana, pues continuaba la bandera roja y gualda de la monarquía. Franco dijo que solo se podía hacer mediante orden escrita previa, y así continuaría durante unos días más hasta que fue finalmente cambiada. El 17 de julio de 1936 fue arrestado por los sublevados, dado de baja del Ejército, quedando encarcelado durante la guerra a su final en que fue condenado a 12 años y puesto en libertad poco después.

El Ejército de África, en 1936 disponía de 34.911 hombres (19.624 españoles y 15.287 nativos), compuesto por oficiales españoles, tropa de reemplazo y por profesionales en la Legión y con soldados nativos a sueldo para la infantería y caballería, llamados Regulares. Estaba organizado en:  

- Circunscripción Oriental, en Melilla al mando del general Manuel Romerales Quintero que abarcaba las zonas de Melilla y Rif.

- Batallones de Cazadores de África: Melilla n.º 3 en Alhucemas y Ceuta n.º 7 en Melilla. Cada batallón contaba con cuatro compañías de fusileros-granaderos, una de ametralladoras, una sección de máquinas de acompañamiento y una de transmisiones.

- 1ª Legión del Tercio, en Tauima (Melilla), con las Banderas 1ª, 2ª y 3ª. Cada bandera tenía tres compañías de infantería y una de ametralladoras 

- Grupos de Fuerzas Regulares Indígenas: Melilla nº2 en Nador; y Alhucemas nº5 en Se­gangán. Cada uno contaba con tres tábores de infantería (tres compañías de fusiles, una de ametralladoras), uno de caballería (tres escuadrones) y una compañía de depósito.

- Grupo de ametralladoras de posición, Agrupación de Artillería (Melilla y Rif), Batallón Mixto de Zapadores (2 compañías de Zapadores y 2 de Transmisiones), Compañía de Mar en Melilla, 2 pelotones ciclistas, Grupo de Intendencia y Grupo de Sanidad.

- Circunscripción Occidental, en Tetuán al mando del general Osvaldo Capaz Montes que abarcaba las zonas de Ceuta-Tetuán y Larache.

- Batallones de Cazadores de África: San Fernando nº1 en Alcazarquivir, Las Navas nº2 en Larache, Ceriñola nº6 en Tetuán y Serrallo nº8 en Ceu­ta. Cada batallón contaba con cuatro compañías de fusileros-granaderos, una de ametralladoras, una sección de máquinas de acompañamiento y una de transmisiones.

- 2ª Legión del Tercio en Dar Riffien (Ceuta) con las Banderas 4ª, 5ª y 6ª.

- Grupos de Fuerzas Regulares Indígenas: Tetuán nº1 en Tetuán, Ceuta nº3 en Ceuta y Larache nº4 en Alcazarquivir.  Cada uno contaba con tres tábores de infantería (tres compañías de fusiles, una de ametralladoras), uno de caballería (dos escuadrones) y una compañía de depósito.

- Grupo de ametralladoras de posición (Ceuta), Agrupación de Artillería (Ceuta, Tetuan y Larache), Batallón Mixto de Zapadores (2 compañias de zapadores y 2 de Transmisiones), Compañía de Mar (Ceuta), 3 pelotones ciclistas, Grupo de Intendencia y Grupo de Sanidad

- África Occidental Española, comprendía los territorios de Ifni, Cabo Juby, Rio de Oro y Sahara español. Dependía de la Alta Comisaría de España en Marruecos que durante la República también era gobernador general de estos territorios teniendo en subordinación al gobernador militar. Durante la República los altos comisarios fueron: Luciano López Ferrer (1931), Juan Moles (1933; 1936) y Manuel Rico Avello (1934); una vez sublevado el ejército tomó el mando provisional el coronel Eduardo Sáenz de Buruaga hasta la designación oficial del general Luis Orgaz Yoldi.

En aquellos años las unidades militares destinadas eran de escasa entidad especialmente destinadas en las plazas de Villa Cisneros, Villa Bens y La Agüera con destacamentos de todas las armas. Igualmente en la Guinea Española que dependían diréctamente de la Presidencia del Consejo de Ministros. Las principales unidades eran:

- Batallón de Tiradores de Ifni (tres Tabores de Infantería y uno de Caballería)

- Compañía Disciplinaria en Cabo Jubi

- Tropas Nómadas del Sáhara 

- Guardia Civil de Ifni 

- Guardia Colonial de Guinea Española (5 compañías principalmente formada con tropa indígena)