El 18 de julio de 1936 el general Emilio Mola estableció su cuartel general en Pamplona y asumió el mando de todas las tropas sublebadas en el norte (Galicia, Castilla y León, Navarra, Álava y Aragón).
El 27 de julio las tropas sublevadas de los cuarteles de Loyola de San Sebastían, se rindieron. De las primeras acciones fue la toma de Irún por el coronel José Solchaga Zala lo que consiguió el 5 de septiembre para cuando llegó a San Sebastián el día 13 los republicanos habían incendiado la ciudad. En la primavera de 1937 el coronel Solchaga sería nombrado jefe de las Brigadas de Navarra y ascendido a general quedó al mando del Cuerpo de ejército de Navarra participando en la Campaña de Cataluña.
Con el fallecimiento por accidente de aviación del general Mola el 3 de junio de 1937, Franco nombró jefe del Ejército Norte al general Fidel Dávila Arrondo, su primer objetivo era romper el Cinturon de Hierro que consistía en una línea de 80 km. con bunkeres, trincheras y nidos de ametralladoras que protegía Bilbao
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Tras la muerte del general José Sanjurjo Sacanell en accidente de aviación el 20 de julio de 1936 que había de ser jefe del directorio militar según los planes del general Emilio Mola, el 24 en Burgos se creó la Junta de Defensa Nacional a inicitiva de Mola a fin de asumir "todos los Poderes del Estado" en los territorios sublevados asignando la presidencia al general de división Miguel Cabanellas Ferrer por ser el de mayor edad. La Junta quedaría completada el 3 de septiembre y compuesta por los generales de división: Andrés Saliquet Zumeta, Francisco Franco Bahamonde, Germán Gil y Yuste, Gonzalo Queipo de Llano y Sierra, generales de brigada: Luis Miguel Limia Ponte y Manso de Zúñiga, Emilio Mola Vidal, Fidel Dávila Arrondo, Luis Orgaz Yoldi, coroneles de Estado Mayor: Federico Montaner Canet, Fernando Moreno Calderón y el capitán de navio Francisco Moreno Fernández.
La Junta de Defensa Nacional dictó varias leyes como la prohibición de los partidos políticos, sindicatos, declaró el estado de guerra en toda España lo que permitía realizar consejos de guerra así como confirmar en sus puestos Queipo de Llano en el Sur, Mola en el Norte y Franco como jefe del Ejército de África que había establecido su cuartel general en el palacio de los marqueses de Yanduri en Sevilla. El 15 de agosto ante del ayuntamiento y en presencia de Queipo de Llano, Millán Astray, José María Pemán y el arzobispo de Sevilla ante una gran multitud ordenó sustituir la bandera por la bicolor, este gesto causó agrado a los monárquicos si bien Franco eludió el tema; dos semanas después la JDN aprobó la bandera.
El rápido avance de las columnas militares que partieron de Sevilla al mando del general Yagúe permitió el traslado a Cáceres del general Franco estableciéndo su Estado Mayor en el Palacio de los Golfines de Arriba desde aquí a través del diplomático José Antonio de Sangróniz y Castro mantuvo los contactos con el almirante alemán Wilhelm Franz Canaris y el general italiano Mario Roatta Mancini para el suministro de material militar pues además estos solo querían tratar con Franco como ya hicieron con la ayuda del paso del Estrecho el 19 de julio y consideraban cesar las ayudas, si no era nombrado comandante en jefe y después jefe del estado.
La toma de Talavera de la Reina por la Columna Castejón el 3 de septiembre supuso poder unir los ejercitos de Queipo de Llano y de Mola, las tropas de Franco habían llegado a la población de Maqueda a 80 km. de Madrid pero a su vez había paralización en algunos frentes ante las fuertes defensas republicanas en Teruel-Cataluña y Murcia-La Mancha. La guerra ya se preveía sería larga. El 21 de septiembre en el aeródromo de Salamanca se reunió la JDN a la que se le añadieron los generales Alfredo Kindelán Duany, Luis Orgaz Yoldi y Germán Gil y Yuste para elegir el mando único militar que recayó en Franco pues reunía importantes cualidades: general de división, historial militar, elegido por alemanes e italianos, lealtad del Ejército de África, apreciado por los mandos intermedios al haber sido director de la Académia General y además de comedido no tenía inclinaciones políticas. La elección fue unánime con solo una abstención, Cabanillas que expresó al salir:
"Ustedes no saben lo que han hecho, por que no lo conocen [al general Franco] como yo, que lo tuve a mis órdenes en el Ejército de África como jefe de una de las unidades de la columna a mi mando; y si, como quieren, va a dársele en estos momentos España, va a creerse que es suya y no dejará que nadie lo sustituya en la guerra ni después de ella, hasta su muerte"
La primera decisión de Franco fue trasladar fuerzas de Maqueda para liberar el Alcazar de Toledo donde el coronel José Moscardó Ituarte sufría un asedio desde hacía dos meses y cuya noticia había salido en la prensa internacional. El 27 de septiembre las tropas del general Varela lograron liberarlo. A nivel militar la estabilización del frente en Maqueda permitió al ejercito republicano reorganizarse y recibir aviones y material militar de la URSS sin embargo a nivel político la azaña ensalzó la figura de Franco por lo que en la nueva reunión de la JDN en Salamanca el mismo 27 se acordó nombrar a Franco como Jefe del Gobierno del Estado español "mientras dure la guerra" si bien y no está claro cuando fue publicado el 30 de septiembre la apostilla fué cambiada por "con todos los poderes del Estado". El acto de investidura se realizó el 1 de octubre en el salón del trono de la Capitanía General de Burgos.