Ubicado en la Estación Naval de Porto Pi el Jefe del Sector Naval de Baleares es un Capitán de Navío del Cuerpo General de la Armada ejerce el mando de las Unidades y actividades de la Armada en las islas que están organizadas en tres Comandancias Navales: Palma de Mallorca (Porto Pí),  Mahón (Estación Naval de Mahón) e Ibiza (en la zona norte del puerto junto a Capitanía Marítima).