Unidades del Ejército de Áire en Guinea:

- 89 Escuadrilla Mixta del Ejército del Aire (1962-1965) por cambio de nombre a:

- 401 Escuadrilla Mixta del Ejército del Aire (1965-1969) 

- Destacamento Ala 35 (1979-1992) por relevo a:

- Destacamento Ala 37 (1992-1994)

Uno de los hítos importantes en los inicios de la aviación fueron los viajes a grandes distancias siendo la Patrulla Atlántida el que unió territorio español con Guinea. Esta patrulla estaba compuesta por tres hidroaviones Dornier Wal con motores Rols Royce que partiendo de Melilla el 10 de diciembre de 1926 hicieron paradas en Casablanca (Marruecos), Las Palmas, Port Étienne (Mauritania), Dakar (Senegal), Konakry (Guinea), Monrovia (Liberia), Grand Bassin en el río Comoe (Costa de Marfil), Lagos (Nigeria) para finalmente llegar a Santa Isabel el 25 de diciembre. Una vez en la Guinea Española aprovecharon para realizar fotografías tanto sobre las islas como en el territorio continental, iniciando la vuelta a España el 26 de enero de 1927 amerizando en Melilla el 27 de febrero después de haber recorrido 16.439 kilómetros en 122 horas. Los tres hidroaviones tenían estos nombres y esta fue su tripulación:  Valencia (comandante Rafael Llorente Sola, Jefe de Patrulla y piloto, el capitán Teodoro Vives Camino, observador, el sargento Navarro y el mecánico Naranjo), Cataluña (capitán Manuel Martínez Merino, piloto, capitán Antonio Llorente Sola, 2.º piloto, capitán Cipriano Grande Fernández, fotógrafo aéreo, y el mecánico Juan Quesada) y Andalucía (capitán Niceto Rubio García, piloto, capitán Ignacio Jiménez Martín, 2.º piloto, capitán ingeniero naval Antonio Cañete Heredia, navegante, y el mecánico Modesto Madariaga).

Hasta la creación de la 401 Escuadrilla existía el Sector Aéreo de Guinea pero de forma estable un helicóptero Bell-G que pilotava el comandante jefe del sector y una avioneta Dornier Do-28 pilotada por un civil.

La 401 Escuadrilla Mixta del Ejército del Aire se creó en marzo de 1962 inicialmente como Escuadrilla Mixta 89 hasta mayo de 1965, estuvo compuesta por 6 aviones T-6 Texan norteaamericanos armados con ametralladoras y bombas y 3 CASA C-127 quedando al mando de un capitán, 60 españoles de los cuales 16 pilotos más 50 nativos contratados para labores auxiliares como conductores, cocineros, etc. cuya función además de la de vigilancia era de apoyo a la población enviando medicinas, traslado de enfermos o acercando la prensa a zonas alejadas. Disponían de aeródromos en Santa Isabel y Bata los únicos con radio faros, así como pistas que eran de arena prensada en Rio Campoo , Akurenan, Ebebiyin, Nksor, Mongomo, Corisco, Evinayong, y Ntobo. Durante la existencia de la escuadrilla hubo dos accidentes, el de un Donier en el pico de Santa Isabel con la muerte de sus ocupantes el teniente piloto y un cabo 1º observador y el de un T-6 en el mar salvándose los dos ocupantes ambos por fallos mecánicos que eran un problema dado los pocos medios y teniendo que enviar y recibir por vía marítima con mercantes los aviones hasta Cádiz y después a la Maestranza Aérea de Albacete para las revisiones.

Para después de la independencia el 12 de ostubre de 1968 se redujo el personal a 20 de los cuales 2 tenientes, 8 subificiales, 4 cabos 1º, un avión T-6 y un C-127 y 62 guineanos que dejaron de tener la condición de soldados. La vigilancia de los aeródromos la hacía la Guardia Civil

En marzo de 1969 con motivo de la Operación Ecuador todo el personal, aviones y materiales son embarcados rumbo Canarias quedando oficialmente disuelta la escuadrilla el  8 de Abril de 1969 y su personal distribuido en otros acuartelamientos.

En 1979, Teodoro Obiang Ngema sobrino del presidente Macías probocó un golpe de estado el cual en agosto solicitó ayuda de España que envió un destacamento del Ala 35 con 8 pilotos, personal de apoyo y 2 aviones C-212 para enlazar Malabo con otras ciudades y realizar labores de transporte de personal y humanitarios siendo relevados en 1992 por el Ala 37 hasta el 9 de marzo de 1994. El 2 de enero de 1987 se produjo un accidente en Bata donde fallecieron sus 22 ocupantes. En total esta misión fue llevada a cabo por 80 militares del E.A.,realizó 10.000 salidas, 18.758 horas de vuelo y se transportaron a más de 97.168 pasajeros y 1.773 toneladas de carga. En recuerdo a esta operación desde junio de 2014 la plaza de armas de la Base Aérea de Getafe se llama “Plaza del Destacamento en Guinea Ecuatorial”