Las primeras acciones de la Armada Española en Guinea se iniciaron tras la firma el 1 de Octubre de 1777 del Tratado de San Ildefonso que definía las fronteras en América entre España y Portugal y por el que Portugal cedia estos territorios africanos a España. A partir de esa fecha se enviaron diferentes expediciones a fin de tomar la soberanía siendo la primera la del Brigadier Conde de Argelejos que llegó a la isla de Fernando Poo el 24 de Octubre de 1778 al mando de una fragata, dos buques de transporte y 150 soldados sin embargo esta como otras posteriores fracasaron en el intento de iniciar una colonización a causa del clima, de las enfermedades tropicales como el paludismo que probocaban la muerte y la oposición guerrera de los nativos. Esto facilitó que Inglaterra en 1817 enviara la fragata Clarence al mando del Capitan Fritz Owen creando un puerto comercial y un destacamento militar fundando la ciudad de Clarence. Situación que se mantuvo hasta 1843 con la llegada del bergantín Nervión de 14 cañones al mando del Capitan de Navio Lerena que expulsó a los ingleses y rebautizó la ciudad como Santa Isabel.
A partir de esta fecha se fue iniciando la colonización con dos compañías de Infantería de Marina y la creación de la Estación Naval en Fernando Poo en la que tendrían su puerto algúnos buques de la Armada en sus últimos años de vida útil como fueron el Crucero Infanta Isabel , cañoneros General Concha, Pelícano y Salamadra, el Eulalia, el Marques de Molins así como goletas como Edetana, Ceres y Ligera cuya función entonces era la vigilancia de la zona costera continental y el intento de dar a conocer la soberanía española a las tribus; también se disponía de pequeñas embarcaciones tipo lanchas y en total para 1886 la Armada disponía en Guinea de 245 marinos de los cuales 24 indígenas krumanes. Tras el Tratado de París en 1900 quedaron definidas las fronteras en el continente por lo que se envió a Bata una de las compañías de Infantería de Marina que dadas las bajas por enfermedades que padecían los españoles se fueron remplazando por nativos. En 1904 se reorganiza la administración colonial y se crea la Policia Indigena de Guinea que pasaría a ser la Guardia Colonial (1907) constituida por la Guardia Civil en sustitución de la Infantería de Marina. Durante el periodo de la 1ª Guerra Mundial (1914-1918) se reforzó con los cañoneros Alvaro de Bazan y Lauria manteniendo el Infanta Isabel hasta 1924, el cañonero Bonifaz hasta 1927 y de forma periódica se sustituían los cañoneros Dato, Canalejas, y Canovas.
Durante la Guerra Civil Fernando Poo se une al alzamiento mientras Rio Muni se mantiene fiel a la República, la situación de tensión finaliza con la llegada de una expedición desde Canarias al mando del comandante Gomez Abad con el buque de Transmediterránea Ciudad de Mahón que había sido armado previamente transportando 670 hombres entre el II Tabor de Tiradores de Ifni que sería enviado a Rio Muni , 2 Compañías de Falange (207), marinería, artillería, ametralladoras, etc. hundiendo al vapor correo Fernando Poo en la Bahia de Bata. En 1952 se creó la Guardia Maritima Colonial de Guinea con misión de policía naval con oficiales españoles y tropa nativa. A principios de los 60 se destinó el cañonero Pizarro y la corbeta Descubierta que se mantuvieron hasta la independencia y posterior Operación Ecuador. También se creó la 89 Escuadrilla del Ejército del Aire que sería renombrada como 401.
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