La conquista del Peñón de Vélez de la Gomera por la Monarquía Hispánica tuvo lugar en 1564, reintegrándola al Imperio Español. Sucedió a una expedición fallida el año anterior, y tuvo como resultado el asentamiento español definitivo en el peñón como plaza fuerte, continuando hasta la actualidad.

La expedición contaba con 6000 infantes (miembros del Tercio de Nápoles), 2000 lansquenetes alemanes y 1200 italianos. Parecía un contingente excesivo para tomar una plaza tan pequeña, pero Felipe II no deseaba correr riesgos esta vez. Se reunieron en Málaga, al mando de García de Toledo Osorio, y partieron el 29 de agosto, juntándose con refuerzos portugueses en el camino.

La plaza se sometió a la fuerza hispánica, el imperio español. Juan Andrea Doria obtuvo la rendición de los que quedaban en la fortaleza y ésta fue ocupada poco después, apoderándose de la artillería y víveres abandonados​. Despedidas las flotas de Portugal y Malta, García de Toledo dejó 1600 soldados de guarnición, mientras se reparaba la fortaleza, retornando a Málaga con las demás fuerzas.

El peñón se sumó a las ya existentes plazas españolas en África. Vélez de la Gomera sería atacado en varias ocasiones, cabe destacar las ofensivas de Muley Amet (con 10000 hombres) en 1680, y la de Muley Sidam (con 14000 hombres) en 1701; todas fueron repelidas y derrotadas.