Con la llegada de la II República el 14 de abril de 1931 el ministro de la Guerra y después presidente del gobierno, Manuel Azaña se propuso disminuir y modernizar el conjunto de las Fuerzas Armadas a fin de hacerlas más ágiles y efectivas en su misión. Para ello se nombró ministro de Marina a un civil José Giral Pereira , famacéutico y diputado por Cáceres, el cual encontró la oposición de los altos mandos de la Marina ante las medidas planteadas que suponían el sistema de ascensos que sería por conocimientos y antiguedad en lugar de méritos de guerra, disolución de unidades consideradas ineficientes con el consiguiente pase a la reserva de sus mandos y la sustitución del Consejo Supremo de Guerra y de Marina por la Sala militar del Tribunal Supremo. El Ministerio de Marina ofreció el pase a la reserva de jefes y oficiales con el mismo sueldo, 324 lo aceptaron.

Los buques de guerra existentes en general envejecidos, de escaso valor militar por no estar acordes con las novedades provinientes de la I Guerra Mundial, sin armamanto antiaéreo eficiente, escasez de municiones fueran torpedos, cargas de profundidad y minas no suficientes para dotar al completo todos los buques. De las bases navales tan solo Ferrol disponía de artillería de defensa completada y capacidad para albergar acorazados por lo que no podían hacer base en el Mediterráneo y en todas escasez de almacenamiento de combustible en caso de mantener un conflicto.

En la madrugada del 18 de julio de 1936 conocida la sublevación en el Protectorado de Marruecos los buques de guerra recibieron la orden de trasladarse al Estrecho de Gibraltar para impedir el paso del Ejército de África a la peninsula. Algunos oficiales decidieron unirse a la sublevación y esto probocó que la marinería se amotinara y los detubiera. La mayor parte de los buques de guerra quedaron fieles al gobierno así como la base naval de Cartagena gracias a la decisión del gobernador militar de Cartagena el general Toribio Martínez Cabrera y la base de Mahón gracias a la marinería de los submarinos.Para final de 1936 los sublevados nombraron jefe de la flota nacional, al contraalmirante Francisco Moreno Fernández.

Donde tuvo éxito la sublevación fueron las bases navales de Ferrol y Cádiz donde se encontraban buques en reparación y en construcción así como la Escuela Naval de Marin de donde los sublevados dispusieron de suficientes oficiales para los buques que quedaron en el bando sublevado lo que permitió dotar a la armada franquista de suficientes oficiales incluidos los 19 buques de pesca de altura (bous) que a finales de 1936 fueron artillados. También quedaron en el bando sublevado los buques de instrucción Juan Sebastián Elcano y Galatea por encontrarse en Marín y el puerto de Mallorca que sería básico para el control del Mediterráneo.

Cruceros:

República o Navarra, entró en servicio a mediados de 1938.

Almirante Cervera, sus dotación se amotinó pero fue reprimida al estar en dique seco.

España,  hundido el 30 de abril de 1937 por una mina frente Santander

Canarias, en construcción en Ferrol y puesto en servicio en septiembre de 1936

Baleares, en construcción en Ferrol y puesto en servicio en diciembre de 1936; hundido durante la Batalla del cabo de Palos el 6 de marzo de 1938 por un torpedo

Destructores: En noviembre de 1936, Alemania cedió 5 lanchas torpederas rápidas de 33 nudos tipo S-Boot (Falange, Requeté, Oviedo, Badajoz y Toledo). Compraron a Italia cuatro destructores que por su antiguedad sufrieron constantes averias (Velasco-Ceuta ex Aquila, Velasco-Melilla ex Falco, Teruel ex Alessandro Poerio y Huesca ex Guglielmo Pepe). Los dos Velasco se les llama así porque se les agregó una chimenea falsa para hacer creer eran el destructor Velasco.

Churruca,

Velasco

Ciscar,  hundido frente a Gijón en octubre de 1937 y reflotado estubo en servicio durante 1938

Cañoneros:

Lauria,

Cánovas del Castillo

José Canalejas

Eduardo Dato

Calvo Sotelo

Dragaminas:

Júpiter, en construcción en Ferrol y puesto en servicio a primeros de 1937

Vulcano, en construcción en Ferrol y puesto en servicio a finales de 1937

Guardacostas: En noviembre de 1937 se compraron a Italia cuatro lanchas torpederas clase MAS (Sicilia, Nápoles, Cándido Pérez y Javier Quiroga)

Larache,

Alcázar

Submarinos: la carencia de submarinos sublevados fue cubierta por la cesión de dos submarinos italianos que en octubre de 1936 su dotación fue sustituida por españoles.

General Sanjurjo C-3, torpedeó al crucero Miguel de Cervantes en 1936

General Mola C-5